Porto Mesegina et Agadir al-Harba
La plus ancienne carte qui signale le site date de 1325 : elle y place un « Porto Mesegina », du nom de la tribu amazighe des Mesguina (ou Ksima), connue dès le XIIe siècle. Le nom d'Agadir, qui signifie « grenier fortifié » en tachelhit, apparaît pour la première fois en 1510, sous la forme Agadir al-Harba.
Santa Cruz du cap de Gué (1505-1541)
En 1505, le noble portugais João Lopes de Sequeira bâtit un château de bois au pied de la colline, près d'une source : c'est la colonie de Santa Cruz do Cabo de Gué. Le quartier garde le nom de Founti, du portugais « fonte », la fontaine. Le roi de Portugal rachète le château le 25 janvier 1513.
Les tribus du Souss organisent un blocus de plusieurs années. En 1510, Mohammed al-Qaïm, chef d'une famille de chorfa, prend la tête de la résistance : ses descendants fondent la dynastie saadienne. En 1540, Mohammed ech-Cheikh installe des canons sur la colline qui domine le fort ; le siège commence le 16 février 1541 et la ville tombe le 12 mars. Six cents Portugais sont faits prisonniers, dont le gouverneur Guterre de Monroy.
Agadir Oufella, la kasbah saadienne
La victoire de 1541 pousse les Portugais à abandonner Safi et Azemmour : en 1550, il ne leur reste au Maroc que Mazagan, Tanger et Ceuta. Le sultan Abdallah al-Ghalib (1557-1574) bâtit une kasbah au sommet de la colline, appelée Agadir n'Ighir, le « grenier de la colline ».
Au XVIIe siècle, sous la principauté amazighe du Tazeroualt, le port commerce avec l'Europe : sucre, cire, cuivre et peaux contre armes et tissus. Un séisme détruit la ville en 1731.
Le port fermé (1760-1911)
À partir de 1760, le sultan Sidi Mohammed ben Abdallah, qui veut punir le Souss rebelle, détourne le commerce vers Essaouira et fait fermer le port d'Agadir. Le déclin dure un siècle et demi : en 1789, un voyageur parle d'une ville fantôme aux maisons en ruine.
Moulay Hassan Ier rouvre le port en 1881 pour ravitailler ses expéditions de 1882 et 1886 dans le Souss. En 1884, Charles de Foucauld décrit encore un « pauvre village dépeuplé et sans commerce ».
Le coup d'Agadir et le protectorat (1911-1956)
Le 1er juillet 1911, l'Allemagne envoie la canonnière Panther dans la baie d'Agadir pour revendiquer une part du Maroc. La crise d'Agadir fait craindre une guerre entre la France et l'Allemagne ; le traité franco-allemand du 4 novembre 1911 laisse les mains libres à la France, qui établit son protectorat l'année suivante.
Les troupes françaises débarquent le 15 juin 1913 dans une ville de moins de mille habitants. Un port est construit, puis le quartier de Talborjt, et vers 1930 Agadir devient une escale de l'Aéropostale, fréquentée par Saint-Exupéry et Mermoz. Le centre moderne est dessiné par Henri Prost à partir de 1930, et la ville vit de la pêche, des conserveries et du tourisme naissant.
Le séisme du 29 février 1960 et la renaissance
En 1960, Agadir compte plus de 40 000 habitants. Le 29 février, à minuit moins le quart, un séisme de magnitude 5,7 dure une quinzaine de secondes et détruit presque toute la ville, dont la vieille kasbah. On estime le nombre de morts à environ 15 000, plus d'un tiers de la population.
Le roi Mohammed V déclare que la ville renaîtra. Elle est reconstruite un peu plus au sud par des architectes marocains et français, dont Jean-François Zevaco et Élie Azagury. Agadir dépasse le demi-million d'habitants au début du XXIe siècle, avec un grand port de pêche, longtemps premier port sardinier du monde, et l'une des principales stations balnéaires du pays.