Un ancien mouillage atlantique
Le site sert de mouillage depuis l'Antiquité. Certains auteurs l'identifient au port de Rutubis cité par Pline l'Ancien, ou à Rousibis chez Ptolémée, voire à Akra dans le périple d'Hannon ; ce ne sont que des hypothèses.
Le nom apparaît au Moyen Âge : « Mazighan » chez le géographe al-Bakri au XIe siècle, « Māzighen » chez al-Idrissi au XIIe, Mesegan ou Mazagem sur les cartes marines européennes.
Mazagão, la forteresse portugaise (1514-1769)
En 1502, le capitaine portugais Jorge de Mello, poussé par une tempête, se réfugie dans une vieille tour, al-Burayja. En 1514, les Portugais construisent sur place une citadelle carrée à quatre tours, œuvre des frères architectes Diogo et Francisco de Arruda.
Après la chute d'Agadir en 1541, le roi Jean III abandonne Safi et Azemmour et concentre ses forces ici : à partir de 1541-1542, la citadelle devient une ville fortifiée en forme d'étoile, aux murailles épaisses, pouvant abriter plusieurs milliers d'habitants portugais. Elle tient plus de deux siècles et demi.
1769 : le départ des Portugais et « la Ruinée »
En 1769, le sultan Sidi Mohammed ben Abdallah assiège la ville. Lisbonne ordonne l'évacuation, et un accord permet aux Portugais de partir sans être attaqués. Mais avant de quitter la ville, ils minent les bastions : à l'entrée des Marocains, les explosions détruisent les murailles et font de nombreuses victimes.
Les habitants portugais sont envoyés au Brésil, où ils fondent Nova Mazagão, dans l'actuel État d'Amapá. La ville marocaine, vide et en ruine, est surnommée al-Mahdouma, « la Ruinée ».
El Jadida, « la Nouvelle » (XIXe siècle)
Le sultan Moulay Abderrahmane, proclamé en 1822, fait restaurer la cité et y bâtir une mosquée ; elle prend alors le nom d'El Jadida, « la Nouvelle ». Des marchands européens, surtout des Anglais de Gibraltar, s'y installent, ainsi que de nombreux habitants venus de l'intérieur.
La ville déborde vite de l'ancienne cité portugaise, que l'on appelle souvent le Mellah, car la communauté juive y est très présente et participe au renouveau. Au début du XXe siècle, El Jadida, que les Européens appellent toujours Mazagan, est l'un des principaux ports du Maroc et dépasse sa voisine Azemmour.
Station balnéaire et patrimoine mondial
Sous le protectorat français, à partir de 1912, une ville nouvelle est construite et El Jadida devient l'une des premières stations balnéaires du Maroc, avec un casino dans les années 1930. Son port décline face à Casablanca.
Dans les années 1980, le grand complexe industriel et portuaire de Jorf Lasfar est créé à une vingtaine de kilomètres au sud. En 2004, la cité portugaise de Mazagan est inscrite au patrimoine mondial de l'UNESCO, exemple d'échange entre cultures européenne et marocaine.